Když nestačí ani kupní smlouva: NSS potvrdil přísný pohled na dokazování vstupní ceny majetku

​​​​​​​​​Nejvyšší správní soud (NSS) v rozsudku číslo jednací 22 Afs 184/2025-47 znovu připomněl, že otázka doložení vstupní ceny majetku rozhodně není jen „historickou administrativou“. Naopak, i po mnoha letech může právě schopnost prokázat původní pořizovací cenu zásadně ovlivnit daňovou povinnost, ať už při uplatňování daňových odpisů, nebo zejména při prodeji majetku a uplatnění daňové zůstatkové ceny.

Josef Krátký, Rödl Praha

V posuzovaném případě šlo o prodej pozemků, které byly původně pořízeny již v roce 2006 a následně přešly na daňový subjekt v rámci fúze. Spor se přitom netýkal samotné existence kupní smlouvy, ale toho, zda byla vstupní cena skutečně dostatečně a věrohodně prokázána.

Daňový subjekt sice v průběhu řízení dodatečně předložil kupní smlouvu, problém však spočíval v tom, že částka uvedená ve smlouvě neodpovídala hodnotám evidovaným v účetnictví ani údajům uvedeným v projektu přeměny. Rozdíl přitom nebyl nijak dramatický – šlo přibližně o 300 tisíc korun při hodnotě okolo 43 milionů. Přesto právě tato nesrovnalost sehrála v celém případu klíčovou roli.

Nejvyšší správní soud současně zdůraznil, že samotná kupní smlouva sice zpravidla představuje základní důkaz vstupní ceny, neplatí to však absolutně. Pokud existují rozpory mezi jednotlivými podklady, je správce daně oprávněn požadovat jejich vysvětlení a daňový subjekt musí vzniklé pochybnosti aktivně odstranit.

V dané věci soudy přihlédly také k poměrně pasivnímu procesnímu postupu daňového subjektu. Kupní smlouva byla předložena až v odvolacím řízení a vysvětlení, že rozdíl vznikl kurzovým přepočtem, zaznělo dokonce až v pozdní fázi soudního řízení. K takové argumentaci už soudy nepřihlédly. NSS v závěru rozsudku výslovně hovoří o pasivitě daňového subjektu a o tom, že měl opakovanou možnost pochybnosti správce daně odstranit, což se nestalo.

Právě zde je podle našeho názoru nejdůležitější praktický dopad rozsudku. Nejde totiž jen o specifický spor související s přeměnami společností. Rozsudek ukazuje obecnější trend: finanční správa i soudy dnes kladou na prokazování historické vstupní ceny velmi vysoké nároky, a to i u majetku pořízeného před mnoha lety.

Zároveň je patrné, že problém nemusí vzniknout pouze při absenci dokumentace. Rizikové mohou být i relativně malé nesrovnalosti mezi jednotlivými evidencemi, pokud nejsou včas a přesvědčivě vysvětleny. V posuzovaném případě přitom důsledkem nebyla „jen“ korekce rozdílu mezi částkami, ale vyloučení celé daňové zůstatkové ceny prodávaného majetku z daňových nákladů.

Rozsudek tak představuje poměrně silné upozornění pro praxi: archivace historických nabývacích titulů, návaznost účetních evidencí a schopnost vysvětlit případné rozdíly nejsou jen formální otázkou. Po letech mohou rozhodovat o milionových daňových dopadech.

​