Prekluzivní lhůta u držitele příslibu investiční pobídky

V posuzovaném případě probíhala u daňového subjektu, který byl držitelem příslibu IP ze dne 10. 10. 2006, daňová kontrola za zdaňovací období hospodářských let 2011/2012 a 2012/2013. Správce daně daňovému subjektu doměřil za tato období daň z příjmů právnických osob pravomocným rozhodnutím ze dne 15. 9. 2021. Spor se správcem daně panoval stran okamžiku, kdy došlo k prekluzi daňové povinnosti za výše uvedená zdaňovací období. 

Běh prekluzivní lhůty pro držitele IP upravuje § 38r odst. 1 zákona o daních z příjmů (ZDP), podle kterého „..lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období, ve kterém nárok na slevu vznikl, tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto slevu uplatnit, končí současně se lhůtou pro stanovení daně za zdaňovací období, v němž nastaly skutečnosti uvedené v § 35a odst. 7, 8 nebo 9 ZDP, nebo v němž uplynula lhůta pro uplatnění nároku na slevu na dani.“ Toto ustanovení je speciální k obecné tříleté prekluzivní lhůtě podle § 148 odst. 1 daňového řádu (DŘ). Lhůta přitom v obou případech začíná běžet od termínu pro podání daňového přiznání.

Daňový subjekt splnil podmínky pro uplatnění slevy na IP v období 2008/2009 a v tomto období mu nárok na slevu vznikl. Ohledně této skutečnosti nebylo sporu. Daňový subjekt však na základě okamžiku splnění podmínek, který již spadal do znění ZDP účinného od 1. 7. 2007, zastával názor, že slevu mohl uplatňovat maximálně v pěti po sobě jdoucích zdaňovacích obdobích. Podle něj tak došlo k prekluzi daňové povinnosti za předmětná období mnoho let před ukončením daňové kontroly. S tímto názorem se NSS neztotožnil a kasační stížnost zamítl. 

Podle soudu je v daném případě pro aplikaci správného znění právní úpravy rozhodující okamžik, kdy bylo vydáno rozhodnutí o příslibu IP, což nastalo v roce 2006, kdy ještě platila lhůta desetiletá. Daňový subjekt tedy mohl slevu na IP čerpat v deseti po sobě jdoucích obdobích. Z tohoto pohledu posledním obdobím, ve kterém bylo možné slevu na dani uplatnit bylo období 2017/2018, od nějž se teprve odvíjí tříletá prekluzivní lhůta, která skončila 1. 10. 2021. Protože lhůta pro stanovení daně započala pro období 2011/2012 dne 1. 10. 2012 a pro období 2012/2013 dne 1. 10. 2013, došlo při zohlednění výše uvedených závěrů k prekluzi předmětných období skutečně až k 1. 10. 2021. 

NSS v rozsudku rovněž uvedl, že i v případě investiční pobídky (§ 38r odst. 1 ZDP) je nutné vycházet ze závěrů rozsudku spisová značka 9 Afs 81/2020. V něm soud dovodil, že daň lze za obvyklých okolností vyměřit nejpozději ve lhůtě deseti let podle § 148 odst. 5 daňového řádu. Z toho vyplývá, že dříve či později nastane situace, kdy již nebude možné otevřít všech deset zdaňovacích období, v nichž bylo možné slevu na dani uplatnit.​